主要副作用有乳酸酸中毒和严重肝肿大伴脂肪变性、肝毒性、神经症状和运动无力、胰腺炎、脂肪萎缩。

乳酸酸中毒和严重肝肿大伴脂肪变性

据报告，单独或联合使用核苷类似物(包括司他夫定和其他抗逆转录病毒药物)可导致乳酸酸中毒和严重肝肿大伴脂肪变性，包括致命病例。

纵向队列研究和回顾性研究表明，这种罕见的事件可能更多地与含有司他夫定的抗逆转录病毒组合有关。

肝毒性

在联合抗逆转录病毒治疗期间，先前存在肝功能障碍(包括慢性活动性肝炎)的患者出现肝功能异常的频率增加，包括严重和潜在致命的肝脏不良事件。

神经症状和运动无力

运动无力的演变可能与格林-巴利综合征(包括呼吸衰竭)的临床表现相似，如果出现运动无力，则应立即停药。

据报告，在接受司他夫定治疗的患者中，周围感觉神经病变表现为手或脚的麻木、刺痛或疼痛。该症状与剂量相关，在患有晚期HIV-1疾病、有周围神经病变史的患者或接受其他与神经病变相关药物的患者中发生频率更高。

胰腺炎

当司他夫定作为联合方案的一部分，在治疗过程中发生了致命性和非致命性胰腺炎。

对于疑似胰腺炎的患者，应暂停使用司他夫定和任何其他对胰腺有毒的药物。

脂肪萎缩

在随机对照试验中，与其他核苷(替诺福韦或阿巴卡韦)相比，司他夫定治疗的患者出现临床脂肪萎缩的比例更高。双能x线骨密度仪(DEXA)扫描显示，司他夫定治疗的患者肢体脂肪总体减少，而其他核苷(阿巴卡韦、替诺福韦或齐多夫定)治疗的患者肢体脂肪增加或无增加。